Workshop of Molecular Biology 2010
Aula 3, Facultad de Medicina, Universidad de Cantabria.
Final Program
Monday, September 27.
Dr. Philippe Marliere. President of the Scientific Advisory Board, Global Bioenergies, Evry, France.
“Automated evolution of micro-organisms and their genomes”
Tuesday, September 28.
Dr. Vladimir Kaberdin. Ikerbasque Research Professor. Dpto. de Inmunología, Microbiología y Parasitología, Fac. Ciencia y Tecnología, Universidad del País Vasco.
"Control of gene expression by riboregulators".
Wednesday, September 29.
Dr. Gabriel Moncalián. Prof. Titular de la UC.
Biotechnology for next generation fuels: Will biofuels be the solution for the energy crisis?
Thursday, September 30.
Dr. Andrés Moya. Prof. of Genetics. Instituto Cavanilles para la Biodiversidad y la Biología Evolutiva, Universidad de Valencia.
“Learning from minimal natural cells”
Friday, October 1.
Dr. Eva Yus. Centre for Genome Regulation, Barcelona.
"Sistems Biology of Microbial Metabolism"
Monday, October 4.
Dr. Victor de Lorenzo. Profesor de Investigación del CSIC. Environmental Microbiology Laboratory. Centro Nacional de Biotecnología, Madrid.
“Engineering bacteria for the Environment: from Genetic Engineering to Synthetic Biology”
Tuesday, October 5.
Dr. Jesús Sainz. Científico titular del CSIC. Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC), Santander.
“Genomics: Applications to Human Disease”
Wednesday, October 6.
Dr. Kepa Ruiz-Mirazo. Ramón y Cajal Fellow. Departamento de Lógica y Filosofía de la Ciencia, Universidad del País Vasco.
1) “Molecular and systemic perspectives on life and its origins”
2) “From vesicles to protocells: early steps towards living systems”
Thursday, October 7.
Dr. Luis Vielva. Prof Titular. Grupo de Tratamiento Avanzado de Señal. Dpto Ingeniería de Comunicaciones. Universidad de Cantabria.
“A physicist approach to biological regulation”
Friday, October 8.
Dr. Antonio Juarez. Catedrático de Microbiología. Universidad Central de Barcelona.
“Biotechnology of lactic acid bacteria”
Monday, September 27, 2010
Sunday, September 26, 2010
Innova Cantabria - Crecimiento del IBBTEC
En el caso del Instituto de Biomedicina y Biotecnología, los grupos que lo componen responden a una selección realizada a nivel internacional, por lo que «ya tienen una calidad contrastada», señala el vicerrector de la UC. Están desarrollando proyectos de farmacología, biología del desarrollo, biología molecular, bioquímica y temas relacionados con diversas enfermedades, entre otros. Su instalación en el Pctcán supondrá, según Gómez Sal, «la eclosión de toda su capacidad».
http://www.innovacantabria.com/component/content/article/44-noticias-innova-cantabria/2893-crecimiento-del-ibbtec
http://www.innovacantabria.com/component/content/article/44-noticias-innova-cantabria/2893-crecimiento-del-ibbtec
Tuesday, September 21, 2010
REDEEX
Los últimos avances en biología y genómica se abordan en la reunión REDEEX, organizada por la UC
La ETSIIT acoge este encuentro científico centrado en los elementos genéticos móviles
La Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales y de Telecomunicación de la Universidad de Cantabria acoge entre hoy, lunes, y mañana, martes, la segunda reunión de REDEEX, grupo interuniversitario de investigación que trabaja en el campo de la biología molecular y la genómica. La cita comenzará esta tarde, a las 16.30 horas, en la sala de grados del centro (campus de Las Llamas, Santander), con una introducción a cargo de los organizadores: el catedrático de Genética Fernando de la Cruz (Departamento de Biología Molecular de la UC) y los investigadores Mapi Garcillán (Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria - IBBTEC) y Manuel Espinosa (CSIC).
Científicos de diversas universidades y centros de I+D+i españoles participarán en el encuentro, que abordará los últimos avances y retos de la biología de EGMs (elementos genéticos móviles), con el objetivo de actualizar conocimientos y favorecer la colaboración entre laboratorios que tengan intereses similares o complementarios. La reunión promoverá el debate de aspectos básicos relacionados con la propagación de las resistencias a antibióticos, la adaptación de los microorganismos a distintos ambientes ecológicos y el uso de elementos móviles con fines biotecnológicos.
El programa incluye una conferencia invitada prevista para esta tarde, a las 17 horas. Fernando Rojo, del Centro Nacional de Biotecnología, disertará sobre la integración de rutas metabólicas en redes de regulación global. A continuación se celebrarán cuatro sesiones científicas con los siguientes temas: “Replicación y estabilidad de plásmidos”, “Dispersión de EGMs: conjugación, transformación y transducción”, “Ecología, epidemiología y sistemática de EGMs” y “Plásmidos en acción: mecanismos, regulación génica, biología de sistemas, biotecnología…”.
Por último, Fernando de la Cruz y Manuel Espinosa expondrán las conclusiones del foro y abrirán el debate sobre nuevas ideas para la próxima reunión REDEEX. El evento de Santander ha estado financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación y por la Consejería de Educación del Gobierno de Cantabria.
Monday, September 20, 2010
Los últimos avances en biología y genómica se abordan en la reunión REDEEX, organizada por la UC
SANTANDER, 20 Sep. (EUROPA PRESS) -
La Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales y de Telecomunicación de la Universidad de Cantabria acoge entre este lunes y el martes la segunda reunión de REDEEX, grupo interuniversitario de investigación que trabaja en el campo de la biología molecular y la genómica.
La cita comienza esta tarde, a las 16.30 horas, en la sala de grados del centro (campus de Las Llamas, Santander), con una introducción a cargo de los organizadores, el catedrático de Genética Fernando de la Cruz (Departamento de Biología Molecular de la UC) y los investigadores Mapi Garcillán (Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria - IBBTEC) y Manuel Espinosa (CSIC).
Científicos de diversas universidades y centros de I+D+i españoles participarán en el encuentro, que abordará los últimos avances y retos de la biología de EGMs (elementos genéticos móviles), con el objetivo de actualizar conocimientos y favorecer la colaboración entre laboratorios que tengan intereses similares o complementarios.
La reunión promoverá el debate de aspectos básicos relacionados con la propagación de las resistencias a antibióticos, la adaptación de los microorganismos a distintos ambientes ecológicos y el uso de elementos móviles con fines biotecnológicos.
El programa incluye una conferencia invitada prevista para esta tarde, a las 17 horas. Fernando Rojo, del Centro Nacional de Biotecnología, disertará sobre la integración de rutas metabólicas en redes de regulación global. A continuación se celebrarán cuatro sesiones científicas con los temas 'Replicación y estabilidad de plásmidos', 'Dispersión de EGMs: conjugación, transformación y transducción', 'Ecología, epidemiología y sistemática de EGMs' y 'Plásmidos en acción: mecanismos, regulación génica, biología de sistemas, biotecnología'.
Por último, Fernando de la Cruz y Manuel Espinosa expondrán las conclusiones del foro y abrirán el debate sobre nuevas ideas para la próxima reunión REDEEX. El evento de Santander está financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación y por la Consejería de Educación del Gobierno de Cantabria.
Sunday, September 12, 2010
II Reunión REDEEX - Santander, 20-21 Septiembre 2010
http://www.redeex.unican.es/
Estimados colegas de REDEEX:
En la anterior reunión REDEEX acordamos que la siguiente reunión (o sea, ésta de Santander) estaría centrada mas en el debate de algunos temas calientes de la biología de EGMs que en la exposición de los resultados específicos de cada grupo. La razón fundamental es evitar repeticiones y conseguir que la reunión sea atractiva para todos, que podamos aprender más y, quizás, favorecer algunas colaboraciones entre laboratorios que tengan intereses similares o complementarios.
Es por ello que en esta ocasión os proponemos un programa dividido en una introducción, cuatro sesiones científicas, y una sesión de conclusiones. El formato concreto de cada sesión dependerá de los participantes que participen en ellas y queda a la espera que nos enviéis la información que os pedimos. En principio se podría pensar que cada sesión consistiría en 2-3 ponencias de 15 min, dedicadas a hacer una revisión del tema y a introducir el debate, seguidas de un debate entre todos, moderado por los ponentes de la sesión.
Las sesiones que se proponen inicialmente son:
* Presentación de la reunión y su logística por parte de los organizadores (lunes 20 16h30 a 17h) Fernando de la Cruz, Mapi Garcillán y Manuel Espinosa
* Conferencia invitada (lunes 17h a 18h) Fernando Rojo . Integración de rutas metabólicas en redes de regulación global ¿un condicionante para su transmisión horizontal?: el caso del plásmido TOL
* Replicación y estabilidad de plásmidos (lunes 18h a 20h). Coordinador: Ramón Díaz-Orejas
Ponentes:
o Ramón Díaz-Orejas Presentación de la mesa redonda con una reflexión general breve sobre replicación y estabilidad de plásmidos
o Manuel Espinosa Replicación: Consideraciones a la luz del "éxito editorial" de la temática de replicación en plásmidos, bacterias y eucariotas.
o Gloria del Solar Replicación plasmídica: control de replicación, rango de huesped y fitness molecular plásmido-huésped
o Miquel Coll Comentario sobre estructuras de interés relacionadas con la interacción entre las maquinaria replicativas de plásmidos y huésped /replisomas
o Fernando Baquero Replicación plasmidica/consideraciones poblacionales
o Juan Alonso Partición /acoplamiento entre modulos de replicación y estabilidad plasmídica a la luz del sistema wez
o Ramón Díaz-Orejas Sistemas TA revisitados/ interés y cuestiones abiertas
* Dispersión de EGMs: Conjugación, Transformación y Transducción (martes 9h a 11h)
Coordinador: José Penadés
Ponentes:
o Juan C Alonso Disección de la maquinaria de recombinación genética
o Miquel Coll Empaquetar ADN y cómo evitarlo
o Juan Imperial Replicon organization of the genome in soil proteobacteria
o José R Penadés Guerra evolutiva entre elementos móviles: SaPIs vs fagos
* Ecología, epidemiología y sistemática de EGMs (martes 11h30 a 13h30). Coordinador: Fernando Baquero
Ponentes:
o M. Victoria Francia Sistemática de plásmidos en microorganismos Gram positivos
o Teresa Coque Influencia de plásmidos Inc18 y pAD1 en la diseminación de resistencia a antibióticos en Enterococcus faecalis
o Bruno González Zorn Ecología y epidemiología de plásmidos en Pasteurella / Haemophilus
o Ferrán Navarro Ecología/ epidemiología/evolución de plásmidos en Enterobacterias resistentes a antibióticos
o Mapi Garcillán Sistemática y evolución de plásmidos en gamma-proteobacterias
* Plásmidos en acción: Mecanismos, Regulación génica, Biología de sistemas, Biotecnología, etc. (martes 16h30 a 19h). Coordinador: Rafael Giraldo
Ponentes:
o Fernando Rojo Expresión génica de EGMs en su contexto: regulación global y biología de sistemas
o Elena Cabezón Maquinarias macromoleculares en EGMs: posibles desarrollos biotecnológicos
o Bernardo Schvartzman "To Plasmid or not to Plasmid": ¿Siguen siendo los EGMs sistemas modelo válidos en el siglo XXI?
o Rafael Giraldo Los EGMs en la encrucijada de la biología sintética
* Conclusiones e ideas para la próxima reunión / solicitud (martes 19h a 20h) Fernando de la Cruz
MUY IMPORTANTE: Animamos a los que aún no se han registrado para que envíen este formulario y un pequeño resumen acerca de su línea actual de investigación. Agradecemos a todos de antemano vuestra rápida respuesta, que es necesaria para avanzar en la confección de un programa más detallado.
Thursday, September 2, 2010
Mobility of Plasmids
Chris Smillie, M. Pilar Garcillán-Barcia, M. Victoria Francia, Eduardo P. C. Rocha and Fernando de la Cruz
Institut Pasteur, Microbial Evolutionary Genomics, CNRS, URA2171, F-75015 Paris, France,1 UPMC Univ. Paris 06, Atelier de BioInformatique, F-75005 Paris, France,2 Departamento de Biología Molecular e Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC), Universidad de Cantabria-CSIC-IDICAN, C. Herrera Oria s/n, 39011 Santander, Spain,3 Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Marqués de Valdecilla e Instituto de Formación e Investigación Marqués de Valdecilla (IFIMAV), Av. Valdecilla s/n, 39008 Santander, Spain4
Summary: Plasmids are key vectors of horizontal gene transfer and essential genetic engineering tools. They code for genes involved in many aspects of microbial biology, including detoxication, virulence, ecological interactions, and antibiotic resistance. While many studies have decorticated the mechanisms of mobility in model plasmids, the identification and characterization of plasmid mobility from genome data are unexplored. By reviewing the available data and literature, we established a computational protocol to identify and classify conjugation and mobilization genetic modules in 1,730 plasmids. This allowed the accurate classification of proteobacterial conjugative or mobilizable systems in a combination of four mating pair formation and six relaxase families. The available evidence suggests that half of the plasmids are nonmobilizable and that half of the remaining plasmids are conjugative. Some conjugative systems are much more abundant than others and preferably associated with some clades or plasmid sizes. Most very large plasmids are nonmobilizable, with evidence of ongoing domestication into secondary chromosomes. The evolution of conjugation elements shows ancient divergence between mobility systems, with relaxases and type IV coupling proteins (T4CPs) often following separate paths from type IV secretion systems. Phylogenetic patterns of mobility proteins are consistent with the phylogeny of the host prokaryotes, suggesting that plasmid mobility is in general circumscribed within large clades. Our survey suggests the existence of unsuspected new relaxases in archaea and new conjugation systems in cyanobacteria and actinobacteria. Few genes, e.g., T4CPs, relaxases, and VirB4, are at the core of plasmid conjugation, and together with accessory genes, they have evolved into specific systems adapted to specific physiological and ecological contexts.
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